多年来由于抗生素的应用，流感嗜血杆菌脑膜炎的治愈率较前明显升高，病死率降低。开始治疗的时机，明显影响患者的预后，应尽早治疗，且个体化选择用药方案。同时对症治疗维持电解质平衡。对于有并发症的患者除了足量有效的抗生素应用，必要时可手术治疗。
一、一般治疗
流感嗜血杆菌性脑膜炎有发生低钠血症的可能，应注意维持水和电解质平衡，及时纠正酸中毒。控制癫痫发作和防止脑缺氧。
二、药物治疗
1、抗感染治疗：抗生素的应用使得很多病人可以治愈，开始治疗的时间、抗生素药物的选择，应用的剂量及使用时间会明显影响预后。患者一经确诊应立即开始抗生素治疗，早期治疗是改善预后的关键。流感嗜血杆菌脑膜炎抗生素选择与β-内酰胺酶有关。
（1）此酶阴性者应选择氨苄西林，可加用氯霉素。
（2）此酶阳性者选择三代头孢菌素，如头孢噻肟、头孢他啶、头孢哌酮等，大多选用含酶抑制剂的复方制剂，如头孢哌酮/他唑巴坦等。
（3）近期头外伤、神经外科手术者考虑使用抗革兰阴性和革兰阳性的广谱抗生素，如万古霉素加头孢菌素如头孢他啶。
2、抗炎治疗：糖皮质激素的应用，被推荐于流感嗜血杆菌脑膜炎辅助治疗中。使用地塞米松，可以很快控制发热，使神经性耳聋及其他神经系统后遗症明显降低。连续使用2~4天，短期应用副作用较小。
三、手术治疗
对于合并有并发症如硬膜下积液、积脓和脑脓肿的患者，除了应用足量的抗生素，在必要时应手术治疗。手术方式多为积液、积脓切开或钻孔引流术。
四、其他治疗
在炎症急性期，脑水肿可引起颅内压明显增高，反复的腰穿可改善症状，但需注意腰穿有引发小脑扁桃体疝的风险。还可应用甘露醇和呋塞米降颅压治疗。