中枢性呼吸暂停的患者首先要积极治疗原发疾病，然后在此基础上予氨茶碱等以提高呼吸中枢驱动力的药物治疗，另外还可以进行持续气道正压通气等治疗。
一、一般治疗
1、监测生命体征，如果出现呼吸困难，要给予氧疗、辅助通气等治疗。
2、睡眠时可改变体位，如侧位睡眠、抬高床头等。
二、药物治疗
1、呼吸兴奋剂：氨茶碱对呼吸道平滑肌有直接松弛作用，可以使支气管扩张、肺活量增强。肾功能或肝功能不全的患者、心力衰竭患者慎用。
2、催眠镇静类药物：目的是提高患者睡眠质量，尤其是在佩戴正压通气呼吸机情况下的睡眠质量。常用药物有地西泮、水合氯醛、佐匹克隆等。
三、手术治疗
本病一般不采用手术治疗。
四、其他治疗
1、可以进行持续气道正压通气，改善睡眠结构、改善夜间呼吸暂停和低通气。由于需要长期持续治疗，多可于家中进行治疗。
2、安置膈肌起搏器，植入膈肌起搏器，应用电刺激膈肌来治疗中枢性肺泡低通气和呼吸衰竭患者有一定疗效，但这需要长期的辅助机械通气、完整的膈神经-膈肌传导通路和稳定的胸廓。