治疗舌咽神经痛，首先要鉴别是原发性的还是继发性的。继发性的舌咽神经痛相对较少，通常是颅内或者颅底占位性病变导致的。可以通过颅脑磁共振扫描排除。在临床上原发性的舌咽神经痛占大多数：主要是药物治疗，常用的有解痉和止痛类的药物，例如卡马西平片，或者是鲁米那等等；对于在扁桃体窝能够有明确触发点的，可以在切除扁桃体后进行舌咽神经梳理。