脑干血栓最危险的几天为发病后一周内，多数为3-5天。脑干血栓危险期内患者死亡率脑较高，发病后3到5天为脑水肿高峰期，脑水肿高峰期内，一般病情危重，死亡率较高，随着脑水肿逐渐减轻，一般患者病情逐渐趋于平稳。脑水肿一般情况下，发病后一周开始减轻，两周后脑水肿基本消失。如果患者为大面积脑干血栓时，可以于发病后即刻因脑疝导致死亡。