新型隐球菌性脑膜炎是最常见的中枢神经系统真菌的感染。治疗主要是抗菌真菌治疗，目前药效最好的抗真菌药物是两性霉素B,不良反应严重，且比较多，多与5-氟胞嘧啶同时应用,以便于减少两性霉素B的剂量。另外可以应用氟康唑，为比较广谱的抗真菌药，口服吸收比较好，且耐受性好。除此之外，对症及支持治疗也是必不可少的，如为预防脑疝，可给予应用脱水剂来降低颅内压增高，可以行侧脑室分流减压术来减轻脑积水。