小儿神经母细胞瘤的原因与基因突变有关系。特别是遗传易感性，家族型神经母细胞瘤，被证实与渐变淋巴瘤激酶在细胞器突变有关系。神经母细胞瘤中有许多分子突变，基因的扩增突变，也是常见的。由于神经母细胞瘤往往发生于婴幼儿，与怀孕期间的危险因素也有关系，怀孕期间接触化学危险品、抽烟、喝酒、药物、感染等。