病毒性脑炎和细菌性脑炎的区别在于病原微生物不同。病毒性脑炎是由病毒引起的，如脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒、埃可病毒等。细菌性脑炎是由细菌引起的，如流感杆菌、肺炎球菌、大肠杆菌等。然而，应该注意的是，细菌性脑炎可以由病毒感染引起。两者的区别是实验室检查，如脑脊液检查病毒、病毒清晰度、细菌浑浊度。