多发性肾结石的治疗主要取决于结石的大小及位置。对于较小的肾结石，直径小于6mm，可以通过口服药物，配合运动及多饮水，多数可排除。对于结石大于6mm，小于20mm的结石，可以通过体外震波碎石排出、经皮肾镜切开取石术及支架等治疗。但对于大的多发性结石或鹿角样结石，可以通过经皮肾镜切开取石术或外科手及配合溶石药物治疗。