慢性肾盂肾炎的治疗分为普通治疗和抗感染治疗两部分，普通治疗包括多饮水，勤排尿；若伴有发烧，应对症降温处理，并卧床休息；若有结石或者畸形存在，可以进行外科治疗。抗感染治疗，针对培养细菌，进行相应抗感染治疗。治疗以后也需要每月复查1-2次，若有复发情况发生，则继续进行治疗，直到尿细菌培养为阴性为止。