慢性肾小球肾炎发病原因现在尚不明确，大多数的发病原因有考虑是急性肾小球肾炎迁延过来的。还有少数部分是因为呼吸道感染，如感染链球菌或一些病毒感染，包括乙肝病毒性感染引起。别的一些原因可能是其它的疾病造成的自身免疫损伤，如体液免疫或细胞免疫。