主要是大肠杆菌的感染，另外还有变形杆菌、葡萄球菌、粪链球菌及引起急性肾盂肾炎大多起病急且病情重。应根据病人症状体征的严重程度决定治疗方案。在采尿标本作细菌定量培养及药敏报告获得之前，要凭医生的经验决定治疗方案。鉴于肾盂肾炎多由革兰阴性菌引起，故一般首选革兰阴性杆菌有效的抗生素，但应兼顾治疗革兰阳性菌感染。