治疗慢性肾盂肾炎的常规方法有：抗菌药物治疗，常需两类药物联合应用，药效无用时可选用敏感药物分2-4组，轮换应用，可防止再发，对重新感染引起再发的慢性肾盂肾炎更为有效。病因治疗，如果是感染所引起的就是要用敏感性的抗生素杀灭病菌，另外也可以使用中草药调节人体的内分泌系统。