治疗慢性肾盂肾炎较好的方法有：病因治疗，首先应找寻不利因素，如尿路结石、畸形、尿道颈梗阻、前列腺炎、尿道内炎症病灶、膀胱输尿管返流等，并设法纠正。抗菌药物治疗，常需两类药物联合应用，药效无用时可选用敏感药物分2-4组，轮换应用，可防止再发，对重新感染引起再发的慢性肾盂肾炎更为有效。