在肾内科，肾脏穿刺技术主要用于对肾小球肾炎、肾病综合征、IGa肾病等疾病的确认，经过肾穿刺过的肾脏组织，从而可以做病理分析及电镜分析等来确认疾病类型。在泌尿外科中，有些梗阻性疾病如肾积水，肾积脓，可通过肾穿刺造瘘，达到引流尿液或是脓液，起到控制感染，改善肾功能等作用。