通常可以通过观察病史、完善检查等方式确诊胃神经官能症。
对于胃神经官能症并没有一个明确的确诊标准，一般是根据患者的病史、胃功能失调症状、临床表现等来进行确诊，同时还需要慎重地排除其它器质性疾病。既往有心理伤害病史，常以心境起伏为诱发胃部神经机能障碍，发病慢，病程久。
纤维胃镜、胃肠造影及胃电等均可观察到胃部蠕动减慢，节律不齐，甚至出现反向蠕动；重度呕吐患者应注意电解质，以防出现低氯化碱中毒；重度精神分裂症患者表现为体重下降、体温、血压和空腹葡萄糖水平降低。