胃窦黏膜充血水肿时，考虑与疾病性因素及非疾病性因素相关，因病因不同而采用的治疗方法可有区别。
1、疾病性因素
（1）上消化道出血：上消化道出血位于十二指肠悬韧带上方，以呕血，黑便和便血为主症，也会产生眩晕，无力和发热，检查时胃窦黏膜会出现充血和水肿。上消化道出血时，应根据出血情况适时止血，一般采用内镜下止血，主要有注射药物，热凝和机械止血等。若是出血较多、病情较急时需快速补充血容量和抗休克治疗。
（2）消化性溃疡：消化性溃疡由多种致病因子引起消化道黏膜受损。消化性溃疡的患者除引起局部疼痛、恶心呕吐、嗳气和胃部烧灼外，在做检查的时候还可能出现胃窦黏膜的充血和水肿。消化性溃疡患者在日常生活中需注意个人饮食，尽量避免吃辣、刺激性食物，对有胃部疼痛的患者，也可以服用奥美拉唑这类抑制胃酸分泌药物来减轻临床症状。
2、非疾病性因素：若长期酗酒或久禁辛辣刺激性食物，还可刺激胃部，导致胃窦黏膜充血和水肿。一般经过个人饮食调整之后，临床症状就会逐步好转，但是平时要保持一个良好的饮食习惯尽量不要吃这种东西。
胃窦黏膜充血水肿亦不能排除与其他因素相关，如伴有其他不良症状时，应去医院检查。