喝完酒第二天肚子疼的原因可能是由饮酒过量、胃肠炎或阑尾炎引起的。饮酒过量会刺激肠胃道黏膜，导致肚子疼，这可能是由于饮酒过量或者患者身体对酒精不耐受所致。另外，酒精具有一定的亲脂性和溶脂性，过度刺激肠胃道黏膜可能引发胃肠炎，炎症细胞浸润会导致肚子疼。
此外，饮酒后酒精刺激也可能导致阑尾炎的发作。治疗方法包括输液、东莨菪碱和手术治疗。输液可以加速酒精在体内的代谢，缓解肚子疼。东莨菪碱是一种解痉剂，可在医师指导下使用。对于阑尾炎，一旦确诊，通常需要进行阑尾切除手术。手术可以通过开腹或腹腔镜途径完成，根据阑尾解剖位置选择顺行或逆行切除。