肠胃炎的检查包括常规检查和专项检查。常规检查包括血常规和便常规，通过血常规检查可以明确患者体内是否存在感染，便常规检查可以通过检查患者粪便的形态、有无红白细胞等，初步判断消化道有无出血、感染等。专项检查包括胃镜和肠镜，胃肠镜检查可以清楚直观的发现胃肠道内的病变部位，对病变部位怀疑有癌变的可以取活检。
对于一些疾病，同时可以在胃肠镜下采取治疗措施，如息肉切除。