胶囊肠镜的缺点主要有以下几点：
1.缺少灵活性：与普通肠镜相比，胶囊肠镜的操作不够灵活，无法像普通肠镜那样进行实时操作。
2.无法拍照：胶囊肠镜检查不是人为拍照，而是定点定时拍照。这意味着医生无法在检查过程中及时记录病变情况，从而可能错过一些重要信息。
3.容易掩盖病变：由于胶囊肠镜无法像普通肠镜那样进行打气，将肠道撑开，因此在检查过程中容易将一些病变掩盖，导致医生难以准确观察和诊断。
4.无法治疗病灶：胶囊肠镜属于检查手段，但无法对病灶进行治疗。发现病灶后，患者仍需通过其他治疗手段来治疗疾病。
5.可能出现排不出来的情况：在胶囊肠镜检查过程中，有时会出现吞进去后无法排出的情况。一旦出现这种情况，医生一般要考虑取出。