蹲下去起来小肚子疼可能是由于阑尾炎或妇科炎症引起的。阑尾炎通常由阑尾腔管的阻塞引起，导致腔内压力上升，血运障碍，进而引发炎症感染或结石堵塞。这种情况常伴随腹痛、恶心等症状，而站起来后小肚子疼痛也可能出现。早期阑尾炎可通过静脉滴注甲硝唑或克林霉素治疗，严重情况需要手术切除阑尾。
另一种可能是妇科炎症，性生活频繁或个人清洁不当可能导致细菌感染，引发阴道炎、盆腔炎等疾病。这种情况常伴随腹痛等症状，站起来后小肚子疼痛也可能发生。医生可能会建议使用克霉唑、阿奇霉素等药物治疗。
鉴于以上情况，建议就诊于正规医疗机构进行相关检查，以确定病因并采取药物或手术等治疗措施。请遵医嘱，并及时寻求医疗帮助。