幽门螺杆菌感染的治疗方法主要包括三联疗法和四联疗法。三联疗法主要是一种质子泵抑制剂加两种抗生素，共三种药物，因此也称为三联疗法。而四联疗法除了包括质子泵抑制剂、两种抗生素和一种铋剂外，还加入了铋剂。
目前推荐使用四联疗法，具体用药包括质子泵抑制剂（如奥美拉唑镁肠溶片、兰索拉唑肠溶胶囊、泮托拉唑钠肠溶片、雷贝拉唑钠肠溶片、埃索美拉唑镁肠溶片等）、抗生素（如阿莫西林、多西环素、呋喃唑酮、克拉霉素、替硝唑等）和铋剂（如枸橼酸铋钾、胶体果胶铋等）。
具体药物的选择需要由面诊医生结合患者具体感染情况以及用药史进行决定。四联疗法药物需要连续服用半个月左右，然后停药一个月以后去复查，以观察幽门螺杆菌根除的情况。