早上起来肚子疼，上完厕所就好可能是正常的生理现象，因为排便可以清除肠道中的毒素和废物，减轻胃肠负担，缓解疼痛。但如果疼痛持续时间较长，伴有其他症状，如腹泻、便秘、黏液便等，则可能是结肠炎或肠易激综合征导致的。在这种情况下，建议患者根据病因选择合适的治疗方式，如使用药物缓解疼痛、调节肠道功能等。
如果疼痛症状在排便后缓解，则可能是正常的生理反应。