低聚果糖对治疗便秘有一定作用。因为它可以促进肠胃蠕动、加快肠胃内食物消化吸收，并是一种高效的双歧杆菌培养基，可以促使肠道内有益菌大量繁殖，而不被有害细菌所利用，对调节肠道功能、使肠道菌群平衡方面发挥着重要的作用。
但是，低聚果糖属于保健品类的药物，不能代替药品达到治疗效果，且只适合于轻度及中度的便秘患者，服用后容易导致不适症状的发生，因此出现便秘的患者需严格遵照医嘱规范的使用药物进行治疗，以缓解不适症状。
此外，有便秘症状的患者应养成良好的生活习惯，多食用膳食纤维丰富的食物，同时多运动，少吃或不吃辛辣、刺激以及过于油腻的食物。