吃完辣椒肚子疼的原因可能包括胃部疾病、腹部受凉和妇科炎症等。例如，患有慢性肠炎、溃疡性肠炎、克罗恩病等胃部疾病的人，吃了太多辛辣刺激性食物可能会对胃肠黏膜造成刺激，引起肚子疼痛等症状，并且可能会导致病情进一步加重。另外，腹部受凉或不注意饮食也可能导致胃痉挛或胃部不适，从而引起肚子疼。
而患有妇科疾病，如盆腔炎或附件炎等，吃太多辣椒可能会引起局部组织充血，出现肚子疼痛等症状，并且可能会导致阴道分泌物增多或外阴瘙痒。因此，如果出现吃完辣椒肚子疼的症状，建议及时就医，以确诊病因并采取相应的治疗措施。