坐久了小肚子疼的原因可能包括正常反应、肠痉挛或者盆腔炎症等。正常反应是由于长时间坐着会让腹部的肌肉紧绷，导致痉挛，从而引起小肚子疼，活动一段时间一般会有所缓解。肠痉挛是由于长时间不活动，导致肠蠕动减慢或者环境温度过低，引起肠痉挛，可能会导致下腹疼痛、腹泻等症状。
盆腔炎症是多见于女性的一种疾病，由于盆腔脏器发炎，神经敏感性升高，因此在久坐后会有可能会出现下腹不适，通常会伴有白带增多、下坠感等症状。此外，其他可能的原因包括盆腔肿物等，因此建议尽快去医院做盆腔彩超等检查来明确原因。