大肠杆菌可以通过两种方式杀死：药物杀灭和高温杀灭。药物杀灭可以通过口服某些药物，如喹诺酮类、青霉素V钾片等青霉素类、头孢他啶、头孢克肟分散片等头孢类，这些药物能够抑制革兰阳性菌、革兰阴性球菌、个别革兰阴性杆菌细胞壁的合成，使细菌迅速破裂溶解，从而达到杀灭效果。
此外，日常高温杀灭也是预防大肠杆菌感染的有效方法，在60°C下即可将其杀灭，最少需要半小时。因此，注意饮食卫生，避免食用过期、未清洗的食物，是预防大肠杆菌感染的关键。