固肠止泻丸不宜长期服用，建议服用2个月左右，最长不超过3个月。
固肠止泻丸中含有罂粟壳，长期服用会产生依赖性，对神经系统、消化系统造成损害，并出现内分泌失调等症状。罂粟壳含有生物碱性物质，长期服用会导致恶心、呕吐、烦躁等副作用，严重时可出现呼吸抑制、四肢冰冷等休克状态。因此固肠止泻丸不宜作为长期治疗药物使用，需要在医生指导下合理使用。
如果需要长期治疗，应该到医院进行辨证，并根据医生处方合理用药。