法莫替丁和奥美拉唑不同，虽然都属于抑制胃酸分泌的药物，但是它们的作用机制不同。法莫替丁为组胺受体阻断药，而奥美拉唑为质子泵抑制剂。
与法莫替丁相比，奥美拉唑抑制胃酸分泌的作用更强，作用持续时间更强，药物的作用效果更好一些。如果患者需要抑制胃酸分泌治疗的话，建议首选奥美拉唑等质子泵抑制剂。奥美拉唑建议在饭前半小时服用，效果更好一些。