清洁灌肠是用0.1%-0.2%的肥皂水或者清洁水500-1000ml，通过肛门肛管经直肠，缓缓的灌入直肠、结肠。在灌肠之前，应做好病人的思想工作，争取病人的配合，让其尽量放松，消除紧张情绪。患者需采用左侧卧位，身体自然屈曲，暴露臀部，臀部靠近床边，左下肢稍屈曲，右下肢屈曲90度，贴近腹壁，两臂屈肘，一手放于枕旁，一手放于胸前。
另外，操作医护人员需站在病人的背侧，在操作的过程中，要尽量配合医生，千万不要因为害羞，而阻止进行操作，这样不但会影响操作的进程，甚至会影响灌肠效果。如果有不适，要及时告知医生，可以灌2-3次，以保证肠内积存粪便排净。