胃食管反流病的治疗主要是减轻症状，促进黏膜炎症去恢复，治疗并发症以及预防复发。由于酸反流是主要的病因，抑酸剂是目前最主要的治疗用药，若患者对抑酸剂常规治疗无效，则应分析诊断是否正确，患者是否存在碱反流或者有狭窄等并发症，同时要注意影响药物的因素，如患者的依从性，不同个体口服质子泵抑制剂产生的生物活性差异，以及肝药酶P450对质子泵抑制剂代谢的影响等。
大部分患者经过4-8周的初期治疗症状缓解，但多半在半年内复发，疾病复发率达到57%-90%，因此维持治疗，防止复发尤为重要。维持方案有持续治疗和非连续性的治疗两种：1、持续治疗是在反流症状控制后，使用常规剂量的抑酸剂。2、非连续治疗可以是间歇给药或者是按需给药，间接给药是指间隔一定的时间，按需治疗是由患者决定用药的时间，没有固定的疗程，出现症状的时候用药，症状控制以后则停药。非连续治疗可以节省治疗的费用，并减少长期连续治疗后酸反分泌反弹，按需治疗失败者则可改为维持服药，人可以获得较好的疗效。