菌群失调症状可以通过药物治疗、食物疗法等方式进行调理、改善。肠道炎症性疾病是引起消化道菌群失调的常见病症，对于此类病症患者，可以选用广谱抗菌类药物，对胃肠道存在的有害病菌进行杀灭性治疗，常用药物类型有氨苄西林、罗红霉素、耐链霉素等。
另外，可以配合益生菌、营养药剂等类型药物进行联合用药治疗，达到改善胃肠环境、提升消化道功能、增强免疫系统能力等作用，具体药物类型有地衣芽孢杆菌胶囊、枯草杆菌二联活菌片、免疫核糖核酸等。患者在治疗期间，除了要做到科学饮食、充足休息以外，还可以选择有助于改善肠胃功能的食物，如酸奶、山药、苹果等。