无痛胃镜的麻药经代谢后不会对身体造成危害，无痛胃镜是患者在心电监护之下，由医生采用麻醉药物，使病人在无痛状态下完成整个胃镜检查过程。目前临床麻醉中使用最广泛的静脉麻醉剂是丙泊酚注射液，它的特点是起效快、作用强、苏醒快。
注射丙泊酚也有很多并发症，比如快速推注丙泊酚会导致患者出现呼吸暂停、血压降低等等，但是只要注意不超剂量使用，通常不会出现并发症。使用药物期间如出现不良反应，需要进行及时处置。检查结束苏醒后，保持静卧15分钟即可自行离开医院，没有任何后遗症。