奥美拉唑什么时候吃，取决于治疗什么样的疾病。治疗胃酸过多引起的胃溃疡、十二指肠溃疡、胃食管反流、反流性食管炎，奥美拉唑一般都是每天早上服用，个别比较严重的反流病可能会要求早晚各一次。奥美拉唑肠溶制剂在空腹的时候服用，比如早饭前和晚饭前服用。
因为奥美拉唑怕酸，在胃中遇到酸的时候会发生化学结构的变化，就失去了抑制胃壁细胞质子泵的作用，也就是抑制胃酸分泌的作用。因此，所有的奥美拉唑都是做成肠溶制剂，或者直接注射到体内。对于奥美拉唑肠溶片或者肠溶胶囊，为了保证在胃中不会溶解、释放出的药物被破坏掉，而只能在肠道中溶解、释放、吸收入血，然后到达胃壁细胞抑制质子泵。