无痛胃肠镜也是具有风险的。首先是麻醉的风险，虽然使用的是速效麻醉剂，但是如果监护或者用药不当，轻者会出现谵妄、烦躁，严重的可以导致缺氧缺血性脑病，甚至可以造成植物状态、死亡等。此外相对于普通胃肠镜，由于缺少与患者的交流，导致无痛胃肠镜在操作的过程中有可能充气过多、进镜过快，使肠穿孔、系膜过度牵拉损伤的风险增加。这就要求进行无痛胃肠镜检查时，需要有经验丰富的麻醉医师和内镜医师共同进行。