无痛肠镜检查是存在风险的，这包括麻醉的风险和肠镜检查本身的风险。麻醉的风险主要是包括麻醉药品过敏，突发的呼吸心跳骤停以及缺氧所造成的脑部损伤，严重的可以造成植物状态，甚至死亡。肠镜检查的风险主要是包括出血以及肠穿孔。因此对于无痛肠镜检查之前，首先应当综合评估被检查者的心肺功能，同时在检查的过程中应当避免进镜过快。而在进行内镜下治疗时应当注意避免取材或者切除范围过深、过大。