慢性结肠炎的治疗主要包括两大方面的治疗，包括内科治疗和外科治疗。内科治疗时患者要注意及时的进行补液，防止水电解质和酸碱平衡的紊乱，同时配合一些药物治疗比如硫氮磺嘧啶，糖皮质激素和免疫制剂等。外科治疗主要是针对比较严重的患者，例如出现大量的，特别是中毒性巨结肠或者是伴有明显穿孔的患者。采用手术的方法，将坏死的结肠进行切除。