克罗恩病患者每年的治疗费用是无法准确估计的，根据病情发展的不同时期，病情控制好坏费用差距非常大。克罗恩病病情复杂，治疗的个体化差异性大，常规的药物治疗，每年的费用一般在5000元以上。如果患者使用沙利度胺或者硫唑嘌呤等免疫抑制剂治疗有效，那么年度治疗费用可在一万元以上。部分患者使用新型生物制剂治疗有效，则年度治疗费用可达10万元以上。