一般情况下，吃杀幽门螺旋杆菌的药物不会导致腹泻，如果服用铋剂可能会导致黑便。患者有腹泻的情况，说明有服用药物的不良反应。因为根治幽门螺旋杆菌的药物中，需要服用两种抗生素，其中甲硝唑和克拉霉素，会引起轻度的胃肠道不适，导致腹泻。这时，可以换用其他的抗生素来继续根治幽门螺杆菌。其他还需要注意腹部保暖，不要吃辛辣刺激食物。