引起功能性消化不良的主要原因包括，1.胃肠动力障碍，主要是胃肠道蠕动异常，可出现胃食管反流引起腹痛、烧心、反酸、恶心、呕吐等。2.胃酸分泌异常可引起腹胀、嗳气等症状。3.幽门螺杆菌感染也是引起消化不良的主要因素。4.精神心理因素可出现中枢神经系统对内脏高敏感性增强，引起功能性消化不良。5.胃肠道激素的紊乱可影响胃动力、胃泌素以及胆囊收缩等，可出现胃肠功能障碍。