慢性肠炎治疗首先应明确病因，常见慢性肠炎病因为细菌感染、病毒感染、真菌感染、肠道菌群失调、炎症性肠病等。如细菌感染，应采用抗生素治疗，常用喹诺酮类如左氧氟沙星及诺氟沙星等。病毒感染，应采取抗病毒治疗及对症治疗。肠道菌群失调需补充益生菌，炎症性肠病如溃疡性结肠炎症状轻者可予美沙拉嗪，症状重者可能要应用激素、免疫抑制剂或生物制剂治疗。