萎缩性胃炎的患者，长期服用奥美拉唑有加重萎缩程度的可能，而且也有导致维生素B1缺乏的副作用。但是某种药物的应用多是在衡量利弊以后进行选择的，萎缩性胃炎的患者，多伴有幽门螺杆菌感染，而幽门螺杆菌感染会明显加重萎缩性胃炎的病情，所以治疗这个病的关键是抗幽门螺杆菌感染。奥美拉唑是萎缩性胃炎治疗药物的首选，与奥美拉唑的些许副作用相比，其治疗作用更加显著。因此萎缩性胃炎的患者仍然可以服用奥美拉唑，只是不建议长期服用。如果需要长期服用，要定期到医院检查胃黏膜病变情况，并且适当的选择最小的有效剂量。