在用于不同疾病治疗的时候，两种药物的使用疗程是不同的，奥美拉唑、阿莫西林通常和克拉霉素、枸橼酸铋钾胶囊联合使用，用于幽门螺杆菌感染所引起的胃溃疡、十二指肠溃疡的治疗，在这种情况下的话，奥美拉唑和阿莫西林一般连续服用14天，药物的治疗效果会更好一些。奥美拉唑建议在饭前半小时服用，这样会更好的抑制餐后胃酸的分泌。