幽门螺旋杆菌三次都没有杀死，主要考虑以下几个原因。第一，清除幽门螺旋杆菌的药物用药不规范，疗程不充分。这种情况可以按照用药指南给予足够疗程，标准剂量的药物，同时选择质量比较好的药物。第二，幽门螺旋杆菌对药物耐药，尤其是一些抗生素出现耐药的现象，比如阿莫西林，甲硝唑，克拉霉素出现了耐药，这时需要调整抗生素，可以选择一些临床上使用比较少的抗生素，比如四环素等，最好是做药敏试验后选择敏感抗生素。第三，可能与周围一起生活的人有幽门螺杆菌感染，密切接触后再次被感染。这种情况需要和同时有感染的人一起杀菌，这样就可以达到完全清除幽门螺旋杆菌的目的。