在正规的医院做胃镜和肠镜等检查，是不会感染乙肝病毒的。因为检查之前首先医院会要求病人做艾滋病、乙肝、丙肝、梅毒等传染病检查，检查结果阴性的情况下，才会进行胃肠镜检查。如果检查结果患有乙型肝炎，医院会使用专门的胃镜或者肠镜进行检查，与普通病人会分开，而且每次检查以后，会进行彻底的消毒，能有效避免交叉感染。