大部分的广谱抗生素，长期使用都可以导致假膜性肠炎，比如氨苄青霉素，林可霉素，头孢菌素类抗生素等。偶尔可以导致假膜性肠炎的抗生素是氯霉素，四环素和氨基苷类药物。另外，假膜性肠炎也和患者的基础疾病有关。患此类肠炎患者大部分是胃肠手术后患者，免疫力低下。尤其是胃肠道恶性肿瘤手术后患者，合并有高血压，心脏病，糖尿病等基础疾病的患者。