慢性萎缩性胃炎最主要的治疗是根治幽门螺旋杆菌感染，其特效药物包括：奥美拉唑、克拉霉素、替硝唑，再辅助一些中成药及促酶消化的药物，如胃苏颗粒、三九胃泰和吗丁啉、伊托比利等，硫糖铝或磷酸铝凝胶抑制胆汁反流。同时根据患者的个体差异进行抗焦虑、改善贫血、解痉止痛等治疗。饮食治疗也是非常重要的，如每餐定时定量，少吃刺激性食物，戒烟戒酒，不要乱服药物等。