奥美拉唑是抑制胃酸分泌的药物，胃酸对于人体，它起到杀菌以及初步分解食物的作用。如果长期的抑制胃酸，有可能会引发肠道的菌群失调，可能会影响消化吸收的功能，并且可能会造成大便的改变，如腹泻、肠道菌群的失调等。
还有抑制胃酸分泌，会导致胃泌素水平升高，胃泌素水平升高会刺激胃黏膜产生息肉，主要是增生性息肉或者胃底腺息肉。对于这些息肉，可以行内镜下息肉切除术，但是很容易复发。奥美拉唑是否能够长期的服用，需要权衡利弊。如果患者患有胃食管反流病，甚至患有比较严重的反流性食管炎或者Barrett食管等，不通过抑制胃酸分泌，无法控制病情，增加食管癌发生率。