无痛肠镜和普通肠镜的区别就是患者是否在清醒状态下做检查，无痛肠镜患者是在没有意识的情况下，也就是在麻醉的情况下做，患者感受不到疼痛，而普通肠镜是不麻醉状态下，患者能够感受到疼痛。这二者对于医生检查的清晰度，没有太大的差别，区别主要是患者的主观的感受。
如果有的病人非常惧怕普通肠镜，或者有的病人腹腔存在着粘连，或者做过妇科的手术等，这些有可能会增加肠镜检查痛苦，病人可以采用无痛肠镜。需要考虑到麻药本身的副作用，比如有些人存在麻药过敏，此外麻醉本身也会有风险，比如有可能会导致血压水平的波动，以及有可能会出现心脑血管疾病等，都需要考虑在内。