慢性腹泻的治疗包括病因治疗和对症治疗，病因治疗内容包括感染性腹泻需要针对病原体进行治疗，抗生素相关性腹泻必须停止抗生素或者调整原来使用的抗生素，可以加用益生菌。过敏性相关性腹泻应该避免接触过敏原，高渗性腹泻应停止服用高渗性药物或食物，慢性胰腺炎腹泻可以补充胰酶等消化酶。
对症治疗包括以下几方面：1、纠正腹泻引起的水电解质紊乱和酸碱平衡失调。2、对营养严重不良的患者，可以给予肠内或肠外的营养支持治疗。3、针对病因治疗的同时，可以根据病人的腹泻的病理生理学特点，酌情选用以下几种止泻药，如蒙脱石散、碱式碳酸铋片、药用炭等，对于感染性腹泻的患者，在感染被控制的时候，尽量不要选择止泻药。