新生儿细菌性肠炎根据症状严重程度不同，可以选择口服药物或者静脉应用抗生素治疗，因为细菌性肠炎容易引起新生儿腹泻、呕吐，甚至引起肠坏死或者脓毒症、DIC、休克等，所以根据新生儿的症状，如果胃肠道症状也就是腹泻、呕吐不明显、没有引起新生儿脱水，新生儿吃奶量及体温正常，可以居家口服抗生素并定期随诊。
如果腹泻次数比较多，引起新生儿脱水，甚至引起感染性休克，就必须要全身应用抗生素，以及必要时做其他症状的对症治疗。新生儿细菌性肠炎早期治疗，预后都比较好，主要的预防措施是做好环境卫生和手卫生。